当前行政事业单位内部控制存在的主要问题有以下几个方面：

　　1.费用支出缺乏有效控制

　　行政事业单位对于行政经费的支出，特别是招待费、办公费、会议费、水电费等，普遍缺乏严格的控制标准;即使制定了内部经费开支标准，但仍较多采用实报实销制。

　　2.固定资产控制薄弱

　　实行政府集中采购制度以后，行政事业单位固定资产的购置得到了有效控制，但使用管理仍缺乏相关的内部控制，重购轻管现象比较普遍。如未按规定建立起定期财产盘点制度，购置的固定资产未能及时登记入账，未登记固定资产明细账和实物卡片，责任不明确等，导致资产账实不符及资产流失。

　　3.财务管理弱化

　　财务部门的工作限于记账、算账、报账，与业务控制脱节，对单位重要事项的决策、实施过程和结果均不了解，未能对业务部门实施必要的财务控制和监督。票据管理不到位。未建立定期或不定期抽查制度，出现延期上缴收入，挪用公款问题;对使用后票据未能及时办理交验、核销，容易导致收入不入账、私设“小金库”等问题。

　　4.岗位设置不够合理

　　由于多种原因，一些单位岗位安排不尽合理，存在一人多岗、不相容岗位兼职现象。记账人员、保管人员、经济业务决策人员及经办人员没有很好的分离制约，存在出纳兼复核、采购兼保管等现象，出现管理漏洞。

　　5.预算控制比较薄弱

　　首先是预算编制比较粗糙，部门预算的编制一般根据当年财政状况、上年收支、预算单位自身的特点和业务进行核定，没有细化到具体项目，预算支出达不到逐笔进行核定的要求。其次是预算刚性不够，预算的计划性、科学性不强，预算调整追加较为频繁，资金使用缺乏预见性，削弱了预算的约束控制力。

　　来源：中国会计网